C プログラムから、 popen() でパイプを使って gnuplot と通信するという手があります。
FILE 構造体へのポインター変数を用意しておいて、 関数 popen() でパイプを開き、 その後は fprintf(gp, ) で、gnuplot へのコマンドを流し込むわけです。
FILE *gp; ... gp = popen("gnuplot", "w");